isoform	chrom	strand	length	exons	structural_category	associated_gene	associated_transcript	ref_length	ref_exons	diff_to_TSS	diff_to_TTS	diff_to_gene_TSS	diff_to_gene_TTS	subcategory	RTS_stage	all_canonical	min_sample_cov	min_cov	min_cov_pos	sd_cov	FL	n_indels	n_indels_junc	bite	iso_exp	gene_exp	ratio_exp	FSM_class	coding	ORF_length	CDS_length	CDS_start	CDS_end	CDS_genomic_start	CDS_genomic_end	predicted_NMD	perc_A_downstream_TTS	seq_A_downstream_TTS	dist_to_CAGE_peak	within_CAGE_peak	dist_to_polyA_site	within_polyA_site	polyA_motif	polyA_dist	polyA_motif_found	ORF_seq	ratio_TSS
ENSMUST00000247837	chr1	-	2615	2	full-splice_match	ENSMUSG00000020423.7	ENSMUST00000020692.7	2743	2	-23	151	-23	-151	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GAGAAGGTGGAATTCCATAG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248596	chr1	+	3144	7	full-splice_match	ENSMUSG00000009772.16	ENSMUST00000082125.6	3107	7	-23	-14	-23	14	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GCACCCTTCCAAAACACTCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248770	chr1	+	4108	8	full-splice_match	ENSMUSG00000026638.16	ENSMUST00000076521.7	4113	8	11	-6	11	6	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	ATATAAAGCTAGAGTACTGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248944	chr1	-	4083	7	full-splice_match	ENSMUSG00000041945.13	ENSMUST00000131390.8	3311	7	30	-802	0	799	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	TATGGCTATTTTTATCAAAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248947	chr1	-	3169	6	full-splice_match	ENSMUSG00000041945.13	ENSMUST00000039672.6	3160	6	-9	0	-9	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.0	CGTGTGTGTGTGTGTCGTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249005	chr1	-	1774	6	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000026304.14	novel	1831	6	NA	NA	36	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	AACACTTCATGAGGTTATAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248194	chr10	-	2133	3	full-splice_match	ENSMUSG00000019832.6	ENSMUST00000019974.5	2149	3	12	4	12	-4	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TTTTAGATTTGTCACTTTAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248210	chr10	-	1001	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000019832.6	ENSMUST00000019974.5	2149	3	160	5215	76	-4022	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TCCTGTCTTTGGGAACTGCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248960	chr10	+	1705	5	full-splice_match	ENSMUSG00000020310.10	ENSMUST00000020554.8	1436	5	-269	0	-269	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GCCACTGGCATATTCTTTCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248963	chr10	+	1747	2	novel_in_catalog	ENSMUSG00000020310.10	novel	1436	5	NA	NA	-247	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GCCACTGGCATATTCTTTCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248967	chr10	+	1097	3	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000020310.10	ENSMUST00000217748.2	944	4	-17	2343	11	-2343	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	AGAGCTAGTACCTACTTCCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248968	chr10	+	991	4	full-splice_match	ENSMUSG00000020310.10	ENSMUST00000217748.2	944	4	-17	-30	11	-2	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TAGCCACTGGCATATTCTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248061	chr11	-	2460	5	full-splice_match	ENSMUSG00000018920.12	ENSMUST00000019064.9	2699	5	-19	258	-19	-3	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	45.0	TAACTGTAATACTAAAGATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248066	chr11	-	1197	4	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000018920.12	ENSMUST00000126391.2	1267	6	-70	951	-70	1	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CATCTGCCCCCATTGACATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248070	chr11	-	1551	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000018920.12	ENSMUST00000154475.2	1662	6	2874	8	2450	-8	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	ATGCTACCACATCTGCCCCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248071	chr11	-	792	5	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000018920.12	ENSMUST00000154475.2	1662	6	1072	8	648	-8	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	ATGCTACCACATCTGCCCCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248123	chr11	-	1093	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000020871.9	ENSMUST00000021241.8	2282	3	4399	6	3937	-6	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	AAAGAATCAGAGTCCTGAGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248616	chr11	+	811	8	novel_in_catalog	ENSMUSG00000020732.14	novel	2210	9	NA	NA	10	-1323	combination_of_known_splicesites	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	50.0	TCTTAATATACATAAACTAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249015	chr11	-	3149	5	full-splice_match	ENSMUSG00000003934.6	ENSMUST00000004036.6	3183	5	34	0	34	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	CCAGAAGGCTGGAAAATGAC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248255	chr12	+	2459	5	full-splice_match	ENSMUSG00000020638.9	ENSMUST00000020969.5	3200	5	741	0	-564	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CCCTGTTCGTCATCATTGCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248257	chr12	+	2278	3	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000020638.9	ENSMUST00000221826.2	3274	4	3470	1	49	-1	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	ACCCTGTTCGTCATCATTGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248794	chr12	-	6447	5	full-splice_match	ENSMUSG00000020948.10	ENSMUST00000222508.2	6459	5	18	-6	-3	6	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	TCATGTAATCATTATTATGA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248320	chr13	-	2361	3	full-splice_match	ENSMUSG00000002808.8	ENSMUST00000002885.8	2363	3	-6	8	-6	-8	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TGGTTATCTTCAGAGCCTAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248333	chr13	-	1462	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000002808.8	ENSMUST00000002885.8	2363	3	63	1936	-3	-490	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	75.0	ATAAATAAATAAATAAATAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248727	chr13	-	2677	5	full-splice_match	ENSMUSG00000021594.12	ENSMUST00000091514.6	2644	5	-32	-1	-32	1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCTATTGTTTGTCTTCATG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248789	chr13	+	2430	3	full-splice_match	ENSMUSG00000054931.8	ENSMUST00000062609.6	2400	3	-36	6	-36	-6	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	ATAAAATTTTTAGTTAGAGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249051	chr14	+	1889	12	full-splice_match	ENSMUSG00000021950.16	ENSMUST00000022519.15	1880	12	-9	0	-9	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GTGTCTGTGGATTTGTGGGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248492	chr15	+	1998	5	full-splice_match	ENSMUSG00000064373.14	ENSMUST00000159216.10	2085	5	87	0	9	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CAAGTGTGTGTCTTTATTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249029	chr15	-	2384	3	full-splice_match	ENSMUSG00000022440.10	ENSMUST00000023075.9	2402	3	18	0	-15	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCAGCCTGGTACTTTTTGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248153	chr16	-	2174	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022951.17	novel	2190	4	NA	NA	16	1	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	ACGTTGTTGGTCGTTTTCTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248154	chr16	-	2177	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022951.17	ENSMUST00000023672.10	2190	4	16	-3	16	1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	ACGTTGTTGGTCGTTTTCTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248165	chr16	-	2319	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022951.17	novel	2324	4	NA	NA	-4	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TCTGGAGACGTTGTTGGTCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248166	chr16	-	2449	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022951.17	ENSMUST00000060005.15	2324	4	-131	6	-131	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TCTGGAGACGTTGTTGGTCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247853	chr17	-	736	2	full-splice_match	ENSMUSG00000071230.8	ENSMUST00000095544.6	638	2	-97	-1	-97	1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CCCGCGTGTGACCCTTTTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247800	chr18	-	1883	8	full-splice_match	ENSMUSG00000024366.9	ENSMUST00000025224.9	1997	8	110	4	110	-4	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CTTTGCTCTTTCCTAATTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247881	chr18	+	3441	2	full-splice_match	ENSMUSG00000049090.4	ENSMUST00000060223.4	3430	2	17	-28	17	28	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	GAAATTATGGTGCATGCTGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248104	chr18	-	3013	5	novel_in_catalog	ENSMUSG00000024486.7	novel	2375	6	NA	NA	51	-4	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CCATGTTCTGTTTCATTTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248105	chr18	-	2374	6	full-splice_match	ENSMUSG00000024486.7	ENSMUST00000025363.7	2375	6	-4	5	-4	-5	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TCCATGTTCTGTTTCATTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248890	chr18	-	5724	6	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024235.12	novel	2236	7	NA	NA	57	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GAGTATTTTGTCTTAATTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248910	chr18	-	984	2	full-splice_match	ENSMUSG00000024235.12	ENSMUST00000172805.2	2048	2	-452	1516	-452	-1516	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TCTCATCAGTTGAGTGCTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247742	chr19	-	2726	2	full-splice_match	ENSMUSG00000067279.4	ENSMUST00000087321.4	2725	2	2	-3	2	3	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GAGAATGTTTTCTTTCCCCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248315	chr19	-	1807	3	full-splice_match	ENSMUSG00000018822.8	ENSMUST00000018966.8	1900	3	89	4	89	-4	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	TTAATTTCTTTATCCAGTAG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248440	chr19	+	1838	4	full-splice_match	ENSMUSG00000024986.13	ENSMUST00000025944.9	1802	4	-36	0	-36	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CTTGGTGTGTGCACGCGTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248548	chr19	-	1895	3	full-splice_match	ENSMUSG00000071648.5	ENSMUST00000096242.5	1517	3	-379	1	-379	-1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	ATCACTGTTCTCCCGCTCTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248677	chr19	-	6095	4	novel_in_catalog	ENSMUSG00000024782.8	novel	2809	5	NA	NA	-20	1	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CCCGGGCTGTCTCCATGTTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248678	chr19	-	2862	5	full-splice_match	ENSMUSG00000024782.8	ENSMUST00000025696.5	2809	5	-52	-1	-52	1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CCCGGGCTGTCTCCATGTTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247971	chr3	+	2963	2	full-splice_match	ENSMUSG00000027739.10	ENSMUST00000054387.8	3492	2	202	327	202	-327	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	GGAAGCGTTTCTTTCTTTGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248003	chr3	-	2214	5	full-splice_match	ENSMUSG00000040289.9	ENSMUST00000042412.5	2423	5	209	0	-63	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TGTACTGTGTCTGTCTTCCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248368	chr3	+	2404	3	full-splice_match	ENSMUSG00000053769.6	ENSMUST00000066386.6	2394	3	-6	-4	-6	4	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TGCTTTAGTGGTTTTATTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248398	chr3	+	2036	12	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000027901.13	novel	4050	12	NA	NA	12	1	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	TTATTTGTCAATCTAGGAGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248646	chr3	+	2036	3	full-splice_match	ENSMUSG00000027996.14	ENSMUST00000029625.8	2003	3	-34	1	-34	-1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TCTTTGTCTTCTGTCATGTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247960	chr5	-	1756	6	full-splice_match	ENSMUSG00000037379.8	ENSMUST00000046186.8	2045	6	287	2	17	-2	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TGTCAGAGGGTGACCTCCCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248829	chr5	+	3525	4	full-splice_match	ENSMUSG00000034110.9	ENSMUST00000040616.9	4291	4	75	691	12	-691	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	AGTAGTTTGGCCTGTTTGAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248851	chr5	+	1038	4	full-splice_match	ENSMUSG00000029641.9	ENSMUST00000031646.8	1126	4	89	-1	89	1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCCTTGTTTTCTGAATGTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247940	chr6	+	779	2	full-splice_match	ENSMUSG00000034968.4	ENSMUST00000041265.4	817	2	24	14	24	-14	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CTCTGCTGCTGCAAGAAGCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248389	chr7	+	1860	3	full-splice_match	ENSMUSG00000031073.7	ENSMUST00000033389.7	1810	3	-50	0	-50	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GTTATTTGTTCTATTCCAAG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248914	chr7	+	2499	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000030898.16	novel	2573	5	NA	NA	-15	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CCTAAGGCTCAGATTATTCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247764	chr8	+	4773	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031530.7	ENSMUST00000033930.5	2740	4	27	-2060	27	2060	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TCTGCTTTTGTGGACTCTCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248340	chr8	+	3462	11	full-splice_match	ENSMUSG00000052557.12	ENSMUST00000064488.11	2652	11	-158	-652	-158	652	alternative_3end5end	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	TCCTATTTTCCTAAAAGGGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248420	chr8	+	3313	4	full-splice_match	ENSMUSG00000091764.4	ENSMUST00000204285.3	4333	4	10	1010	10	-1010	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	ACAAATCTAGCCTCAGTGGA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248559	chr8	-	2355	3	full-splice_match	ENSMUSG00000031654.17	ENSMUST00000034076.16	2800	3	-9	454	-9	8	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CGCTGACCCTGTGTTGAACG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249084	chr8	-	1661	2	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031654.17	novel	1822	2	NA	NA	406	7	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	ACGCTGACCCTGTGTTGAAC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248022	chr9	-	2437	16	full-splice_match	ENSMUSG00000010064.16	ENSMUST00000193932.6	2463	16	32	-6	-20	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CCGATTGTGTTCTATATTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248525	chr9	-	1663	3	full-splice_match	ENSMUSG00000032565.10	ENSMUST00000035179.9	1631	3	8	-40	3	40	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GCTAAGGTTTGCGATGCCTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247922	chrX	+	2190	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031428.12	ENSMUST00000113067.8	2259	4	68	1	64	-1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CTACGGCAGGGGTGTTCTAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247926	chrX	+	2158	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031428.12	ENSMUST00000101227.3	2045	4	145	-258	6	-4	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CAACTACGGCAGGGGTGTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248227	chrX	+	2790	7	full-splice_match	ENSMUSG00000031438.12	ENSMUST00000113026.2	2750	7	-42	2	-42	-2	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TATCTGGTGTTCGATTTAGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248231	chrX	+	3514	6	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031438.12	novel	2750	7	NA	NA	12	2	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTGTATCTGGTGTTCGATTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248232	chrX	+	2713	7	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031438.12	novel	2750	7	NA	NA	17	-7	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	AATGAAAGATTGTATCTGGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248584	chrX	-	2147	5	full-splice_match	ENSMUSG00000035062.14	ENSMUST00000044382.7	2219	5	80	-8	-21	2	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CTAACTGAGTGCATTCTGTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
