isoform	chrom	strand	length	exons	structural_category	associated_gene	associated_transcript	ref_length	ref_exons	diff_to_TSS	diff_to_TTS	diff_to_gene_TSS	diff_to_gene_TTS	subcategory	RTS_stage	all_canonical	min_sample_cov	min_cov	min_cov_pos	sd_cov	FL	n_indels	n_indels_junc	bite	iso_exp	gene_exp	ratio_exp	FSM_class	coding	ORF_length	CDS_length	CDS_start	CDS_end	CDS_genomic_start	CDS_genomic_end	predicted_NMD	perc_A_downstream_TTS	seq_A_downstream_TTS	dist_to_CAGE_peak	within_CAGE_peak	dist_to_polyA_site	within_polyA_site	polyA_motif	polyA_dist	polyA_motif_found	ORF_seq	ratio_TSS
ENSMUST00000247831	chr1	-	8225	2	full-splice_match	ENSMUSG00000020423.7	ENSMUST00000020692.7	2743	2	-51	-5431	-51	5431	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CTCCTTACCTTGCCACATTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248590	chr1	+	2963	7	full-splice_match	ENSMUSG00000009772.16	ENSMUST00000082125.6	3107	7	-51	195	-51	0	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CAGTCTCTTGTTCACTTTGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248598	chr1	+	2990	8	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000009772.16	novel	2936	8	NA	NA	13	-5	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	AAAAACAGTCTCTTGTTCAC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248599	chr1	+	5545	6	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000009772.16	ENSMUST00000082125.6	3107	7	5803	239	-5667	-44	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	60.0	AAAAAAACAACCCTCATTAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248600	chr1	+	4351	5	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000009772.16	ENSMUST00000082125.6	3107	7	9664	195	-1806	0	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CAGTCTCTTGTTCACTTTGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248767	chr1	+	4147	8	full-splice_match	ENSMUSG00000026638.16	ENSMUST00000076521.7	4113	8	-21	-13	-21	13	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GCTAGAGTACTGGTTCTATC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248768	chr1	+	4187	6	novel_in_catalog	ENSMUSG00000026638.16	novel	4113	8	NA	NA	-18	391	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TCTGACTCGATTATTTTCCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248771	chr1	+	4714	7	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000026638.16	ENSMUST00000076521.7	4113	8	42	3	-1	-3	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	70.0	AAGAAAAAAATATAAAGCTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248928	chr1	-	3982	6	full-splice_match	ENSMUSG00000041945.13	ENSMUST00000039672.6	3160	6	-23	-799	1	799	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	TATGGCTATTTTTATCAAAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248931	chr1	-	3564	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000041945.13	ENSMUST00000039672.6	3160	6	9018	-790	9012	790	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	45.0	AAAACAGAATATGGCTATTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248932	chr1	-	4100	7	full-splice_match	ENSMUSG00000041945.13	ENSMUST00000131390.8	3311	7	4	-793	4	790	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	45.0	AAAACAGAATATGGCTATTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249003	chr1	-	1875	6	full-splice_match	ENSMUSG00000026304.14	ENSMUST00000027529.12	1831	6	-44	0	-44	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CACTTCATGAGGTTATATTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249004	chr1	-	2750	7	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000026304.14	novel	1557	6	NA	NA	123	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	AACACTTCATGAGGTTATAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248196	chr10	-	2142	3	full-splice_match	ENSMUSG00000019832.6	ENSMUST00000019974.5	2149	3	-3	10	-3	-10	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	GTTGAATTTTAGATTTGTCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248956	chr10	+	1716	5	full-splice_match	ENSMUSG00000020310.10	ENSMUST00000020554.8	1436	5	-280	0	-280	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GCCACTGGCATATTCTTTCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248965	chr10	+	1243	4	full-splice_match	ENSMUSG00000020310.10	ENSMUST00000217748.2	944	4	-269	-30	-241	-2	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TAGCCACTGGCATATTCTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248057	chr11	-	2337	4	novel_in_catalog	ENSMUSG00000018920.12	novel	1267	6	NA	NA	24	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	CTGTAATACTAAAGATTACT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248058	chr11	-	2423	5	full-splice_match	ENSMUSG00000018920.12	ENSMUST00000019064.9	2699	5	19	257	19	-2	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	50.0	AACTGTAATACTAAAGATTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248060	chr11	-	2443	6	novel_in_catalog	ENSMUSG00000018920.12	novel	1662	6	NA	NA	68	-3	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	45.0	TAACTGTAATACTAAAGATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248067	chr11	-	1490	6	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000018920.12	novel	1662	6	NA	NA	5	1	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CATCTGCCCCCATTGACATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248068	chr11	-	4899	6	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000018920.12	novel	1662	6	NA	NA	-3340	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	ACATCTGCCCCCATTGACAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248069	chr11	-	4564	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000018920.12	ENSMUST00000154475.2	1662	6	-132	1	20	-1	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CACATCTGCCCCCATTGACA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248125	chr11	-	1998	1	novel_in_catalog	ENSMUSG00000020871.9	novel	2282	3	NA	NA	7	-632	mono-exon	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CTTTTCCCTGGTCATTCTGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248611	chr11	+	2226	9	full-splice_match	ENSMUSG00000020732.14	ENSMUST00000021076.6	2210	9	-16	0	-16	0	reference_match	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CTCTGACCGGTTTTTCCCCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248619	chr11	+	1752	3	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000020732.14	ENSMUST00000021076.6	2210	9	6122	4	6076	-4	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TATACTCTGACCGGTTTTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248985	chr11	-	3590	4	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000003934.6	ENSMUST00000004036.6	3183	5	1792	0	1792	0	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	CCAGAAGGCTGGAAAATGAC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248987	chr11	-	3223	5	full-splice_match	ENSMUSG00000003934.6	ENSMUST00000004036.6	3183	5	-40	0	-40	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	CCAGAAGGCTGGAAAATGAC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248250	chr12	+	3224	5	full-splice_match	ENSMUSG00000020638.9	ENSMUST00000020969.5	3200	5	-24	0	-24	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CCCTGTTCGTCATCATTGCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248796	chr12	-	6483	5	full-splice_match	ENSMUSG00000020948.10	ENSMUST00000222508.2	6459	5	-20	-4	-20	4	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	TATCATGTAATCATTATTAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248799	chr12	-	5733	6	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000020948.10	novel	6459	5	NA	NA	9	-3	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	AAATTTGTATCATGTAATCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248800	chr12	-	5654	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000020948.10	novel	6459	5	NA	NA	2	-3	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	AAATTTGTATCATGTAATCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248808	chr12	-	2269	2	full-splice_match	ENSMUSG00000020948.10	ENSMUST00000221957.2	1732	2	0	-537	0	537	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	GAAAAATGGCCTTATATTTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248318	chr13	-	2513	3	full-splice_match	ENSMUSG00000002808.8	ENSMUST00000002885.8	2363	3	-146	-4	-23	4	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	GAGCCTATTAAGTCTCATCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248693	chr13	-	2693	5	full-splice_match	ENSMUSG00000021594.12	ENSMUST00000091514.6	2644	5	-49	0	-49	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	GTTCTATTGTTTGTCTTCAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248784	chr13	+	2446	3	full-splice_match	ENSMUSG00000054931.8	ENSMUST00000062609.6	2400	3	-58	12	-58	-12	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	CATGAGATAAAATTTTTAGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248785	chr13	+	1999	3	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000054931.8	novel	2400	3	NA	NA	592	-7	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	GATAAAATTTTTAGTTAGAG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249045	chr14	+	1943	12	full-splice_match	ENSMUSG00000021950.16	ENSMUST00000022519.15	1880	12	-63	0	-63	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GTGTCTGTGGATTTGTGGGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249053	chr14	+	1538	8	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000021950.16	ENSMUST00000022519.15	1880	12	6488	7	6444	-7	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	TCAAAAAGTGTCTGTGGATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248490	chr15	+	2013	5	full-splice_match	ENSMUSG00000064373.14	ENSMUST00000159216.10	2085	5	75	-3	-2	2	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	GTGTGTGTCTTTATTGTTCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248491	chr15	+	2013	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000064373.14	novel	2085	5	NA	NA	-1	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CAAGTGTGTGTCTTTATTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249030	chr15	-	2402	3	full-splice_match	ENSMUSG00000022440.10	ENSMUST00000023075.9	2402	3	0	0	0	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCAGCCTGGTACTTTTTGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248128	chr16	-	2500	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022951.17	ENSMUST00000060005.15	2324	4	-174	-2	-174	2	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.0	CGTTGTTGGTCGTTTTCTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248129	chr16	-	3207	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022951.17	novel	2324	4	NA	NA	6	1	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	ACGTTGTTGGTCGTTTTCTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248132	chr16	-	1766	2	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022951.17	novel	2324	4	NA	NA	-281	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GACGTTGTTGGTCGTTTTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248135	chr16	-	2316	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022951.17	ENSMUST00000023672.10	2190	4	-124	-2	-124	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GACGTTGTTGGTCGTTTTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248140	chr16	-	2065	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022951.17	ENSMUST00000232197.2	1506	4	-2	-557	-2	0	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GACGTTGTTGGTCGTTTTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248144	chr16	-	2156	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022951.17	novel	2324	4	NA	NA	232	-1	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	AGACGTTGTTGGTCGTTTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248145	chr16	-	2339	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022951.17	novel	2190	4	NA	NA	972	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	GAGACGTTGTTGGTCGTTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248147	chr16	-	2110	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022951.17	novel	2324	4	NA	NA	-2054	-2	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TGGAGACGTTGTTGGTCGTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247859	chr17	-	733	2	full-splice_match	ENSMUSG00000071230.8	ENSMUST00000095544.6	638	2	-95	0	-95	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CCCCGCGTGTGACCCTTTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247864	chr17	-	691	2	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000071230.8	novel	638	2	NA	NA	-60	-5	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TGCGCCCCCGCGTGTGACCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247792	chr18	-	2059	8	full-splice_match	ENSMUSG00000024366.9	ENSMUST00000025224.9	1997	8	-61	-1	-61	1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CTCTTTCCTAATTTTCTTAC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247876	chr18	+	4737	2	full-splice_match	ENSMUSG00000049090.4	ENSMUST00000060223.4	3430	2	-153	-1154	-153	1154	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TAGGACTGTCCCCTTGGAGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247880	chr18	+	3837	2	full-splice_match	ENSMUSG00000049090.4	ENSMUST00000235383.2	1789	2	-608	-1440	0	0	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GACACACTTCTTTCTGTCCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248095	chr18	-	2402	6	full-splice_match	ENSMUSG00000024486.7	ENSMUST00000025363.7	2375	6	-15	-12	-15	12	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.0	TTTTGGTTTGGTGTTGTTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248096	chr18	-	2458	3	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000024486.7	ENSMUST00000025363.7	2375	6	7427	1	6989	-1	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TGTTCTGTTTCATTTTTGGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248097	chr18	-	4700	5	novel_in_catalog	ENSMUSG00000024486.7	novel	2375	6	NA	NA	-4	-1	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TGTTCTGTTTCATTTTTGGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248098	chr18	-	1750	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024486.7	novel	2375	6	NA	NA	7211	-4	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CCATGTTCTGTTTCATTTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248099	chr18	-	2304	5	novel_in_catalog	ENSMUSG00000024486.7	novel	2375	6	NA	NA	-112	-5	combination_of_known_splicesites	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TCCATGTTCTGTTTCATTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248100	chr18	-	4634	3	novel_in_catalog	ENSMUSG00000024486.7	novel	2375	6	NA	NA	124	-8	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CCATCCATGTTCTGTTTCAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248878	chr18	-	3896	5	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000024235.12	ENSMUST00000025078.10	2569	8	10192	-2	-6528	2	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TTTTTGGGATTGTATATTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248880	chr18	-	2764	8	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024235.12	novel	2569	8	NA	NA	6	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	AATTTTTGGGATTGTATATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248881	chr18	-	2507	8	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024235.12	novel	2569	8	NA	NA	6	-2	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	TTAATTTTTGGGATTGTATA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248882	chr18	-	2512	8	full-splice_match	ENSMUSG00000024235.12	ENSMUST00000025078.10	2569	8	55	2	-3	-2	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	TTAATTTTTGGGATTGTATA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248892	chr18	-	3104	8	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024235.12	novel	2569	8	NA	NA	-432	-11	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	CCAAATAAACTGAGTATTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248893	chr18	-	2718	7	full-splice_match	ENSMUSG00000024235.12	ENSMUST00000173930.8	2236	7	-494	12	-436	-11	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	CCAAATAAACTGAGTATTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248900	chr18	-	2186	2	full-splice_match	ENSMUSG00000024235.12	ENSMUST00000172805.2	2048	2	-413	275	-413	-275	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TTGTCCTTGCTTGTGAATAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247740	chr19	-	3387	2	full-splice_match	ENSMUSG00000067279.4	ENSMUST00000087321.4	2725	2	-54	-608	-54	608	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	AAATGCTGCTCCACCTCTCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248305	chr19	-	1880	3	full-splice_match	ENSMUSG00000018822.8	ENSMUST00000018966.8	1900	3	14	6	14	-6	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	AATTAATTTCTTTATCCAGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248438	chr19	+	3939	3	novel_in_catalog	ENSMUSG00000024986.13	novel	1435	4	NA	NA	-241	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CGACCCTGTTTGAATTCTCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248439	chr19	+	1999	4	full-splice_match	ENSMUSG00000024986.13	ENSMUST00000025944.9	1802	4	-196	-1	-196	1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TTGGTGTGTGCACGCGTGTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248441	chr19	+	3726	3	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000024986.13	ENSMUST00000025944.9	1802	4	-17	59	-17	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CGACCCTGTTTGAATTCTCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248447	chr19	+	3938	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000024986.13	ENSMUST00000025944.9	1802	4	1786	-1	-143	1	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TTGGTGTGTGCACGCGTGTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248550	chr19	-	1952	3	full-splice_match	ENSMUSG00000071648.5	ENSMUST00000096242.5	1517	3	-438	3	-438	-3	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	AAATCACTGTTCTCCCGCTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248634	chr19	-	2897	5	full-splice_match	ENSMUSG00000024782.8	ENSMUST00000025696.5	2809	5	-87	-1	-87	1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CCCGGGCTGTCTCCATGTTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248635	chr19	-	6191	4	novel_in_catalog	ENSMUSG00000024782.8	novel	2809	5	NA	NA	-116	1	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CCCGGGCTGTCTCCATGTTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248636	chr19	-	5004	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024782.8	novel	2809	5	NA	NA	111	0	at_least_one_novel_splicesite	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	ACCCGGGCTGTCTCCATGTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248639	chr19	-	5190	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024782.8	novel	2809	5	NA	NA	20	-976	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GCCTCTCTCAAGTGCTGGGA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247965	chr3	+	3231	2	full-splice_match	ENSMUSG00000027739.10	ENSMUST00000054387.8	3492	2	-1	262	-1	-262	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	TACTGTGGTTTTCAGAAAAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247966	chr3	+	2686	2	full-splice_match	ENSMUSG00000027739.10	ENSMUST00000195715.2	933	2	54	-1807	8	-330	alternative_3end5end	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CGAGGAAGCGTTTCTTTCTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248004	chr3	-	2632	5	full-splice_match	ENSMUSG00000040289.9	ENSMUST00000042412.5	2423	5	-209	0	-209	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TGTACTGTGTCTGTCTTCCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248360	chr3	+	2146	3	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000053769.6	novel	2394	3	NA	NA	-103	2	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CATGCTTTAGTGGTTTTATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248361	chr3	+	2472	3	full-splice_match	ENSMUSG00000053769.6	ENSMUST00000066386.6	2394	3	-75	-3	-75	3	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	ATGCTTTAGTGGTTTTATTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248367	chr3	+	1861	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000053769.6	novel	2394	3	NA	NA	-10	3	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	ATGCTTTAGTGGTTTTATTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248396	chr3	+	3976	12	full-splice_match	ENSMUSG00000027901.13	ENSMUST00000029508.11	4050	12	21	53	2	-53	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	GCTGGTTCTGAGATCATATA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248402	chr3	+	3503	12	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000027901.13	novel	4050	12	NA	NA	169	12	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TCTAGGAGGCACTGCATGGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248643	chr3	+	2057	3	full-splice_match	ENSMUSG00000027996.14	ENSMUST00000029625.8	2003	3	-55	1	-55	-1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TCTTTGTCTTCTGTCATGTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247961	chr5	-	1773	6	full-splice_match	ENSMUSG00000037379.8	ENSMUST00000046186.8	2045	6	270	2	0	-2	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TGTCAGAGGGTGACCTCCCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248823	chr5	+	3824	4	full-splice_match	ENSMUSG00000034110.9	ENSMUST00000040616.9	4291	4	-220	687	-220	-687	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GTTTGGCCTGTTTGATCCTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248826	chr5	+	3652	4	novel_in_catalog	ENSMUSG00000034110.9	novel	4291	4	NA	NA	24	-692	combination_of_known_junctions	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	AAGTAGTTTGGCCTGTTTGA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248830	chr5	+	3314	4	full-splice_match	ENSMUSG00000034110.9	ENSMUST00000144467.2	696	4	1	-2619	1	-693	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GAAGTAGTTTGGCCTGTTTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248850	chr5	+	1059	4	full-splice_match	ENSMUSG00000029641.9	ENSMUST00000031646.8	1126	4	68	-1	68	1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCCTTGTTTTCTGAATGTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248385	chr7	+	1907	3	full-splice_match	ENSMUSG00000031073.7	ENSMUST00000033389.7	1810	3	-97	0	-97	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GTTATTTGTTCTATTCCAAG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248912	chr7	+	2713	4	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000030898.16	ENSMUST00000033189.6	2573	5	53	1	-33	-1	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	ACCTAAGGCTCAGATTATTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248913	chr7	+	2519	5	full-splice_match	ENSMUSG00000030898.16	ENSMUST00000033189.6	2573	5	54	0	-32	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CCTAAGGCTCAGATTATTCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248915	chr7	+	2482	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000030898.16	novel	2573	5	NA	NA	1	-1	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	ACCTAAGGCTCAGATTATTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247760	chr8	+	4801	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031530.7	ENSMUST00000033930.5	2740	4	-2	-2059	-2	2059	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TTCTGCTTTTGTGGACTCTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247762	chr8	+	5317	3	novel_in_catalog	ENSMUSG00000031530.7	novel	2740	4	NA	NA	6	2052	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CAACCAGTTCTGCTTTTGTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247766	chr8	+	1933	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031530.7	novel	2740	4	NA	NA	7415	-6	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TGCCTGACTTGGGCCTCCTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247767	chr8	+	3035	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031530.7	novel	2740	4	NA	NA	7420	-1	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	GACTTGGGCCTCCTAAAAGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247768	chr8	+	2236	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031530.7	novel	2740	4	NA	NA	7421	-2	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	TGACTTGGGCCTCCTAAAAG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248287	chr8	+	11883	11	full-splice_match	ENSMUSG00000052557.12	ENSMUST00000162997.3	13461	11	-181	1759	-179	-1759	alternative_3end5end	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	75.0	GAAAGAAAGAAAGAAAGAAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248288	chr8	+	2208	11	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000052557.12	novel	2652	11	NA	NA	-153	-558	at_least_one_novel_splicesite	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	TAAGGTGCATTTTCCCAGAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248415	chr8	+	4483	4	full-splice_match	ENSMUSG00000091764.4	ENSMUST00000204285.3	4333	4	-3	-147	-3	147	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	CGACATGGTTTCATGAAACT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248560	chr8	-	2399	3	full-splice_match	ENSMUSG00000031654.17	ENSMUST00000034076.16	2800	3	-53	454	-53	8	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CGCTGACCCTGTGTTGAACG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248563	chr8	-	1909	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031654.17	novel	1699	4	NA	NA	1	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GTCTGGAACGCTGACCCTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248020	chr9	-	2396	16	full-splice_match	ENSMUSG00000010064.16	ENSMUST00000193932.6	2463	16	73	-6	21	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CCGATTGTGTTCTATATTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248029	chr9	-	641	5	novel_in_catalog	ENSMUSG00000010064.16	novel	638	4	NA	NA	10	-74	combination_of_known_splicesites	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	GCAACGCCATCATGGGCAGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248520	chr9	-	1704	3	full-splice_match	ENSMUSG00000032565.10	ENSMUST00000035179.9	1631	3	-34	-39	-34	39	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GGCTAAGGTTTGCGATGCCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248521	chr9	-	2396	2	novel_in_catalog	ENSMUSG00000032565.10	novel	1631	3	NA	NA	12	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GCAGCTGTCTGGCTTCAATG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248522	chr9	-	1344	2	novel_in_catalog	ENSMUSG00000032565.10	novel	1631	3	NA	NA	12	0	combination_of_known_splicesites	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GCAGCTGTCTGGCTTCAATG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248523	chr9	-	2484	1	full-splice_match	ENSMUSG00000032565.10	ENSMUST00000186933.3	2147	1	4	-341	4	0	mono-exon	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GCAGCTGTCTGGCTTCAATG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248524	chr9	-	1709	2	full-splice_match	ENSMUSG00000032565.10	ENSMUST00000190375.2	1326	2	-42	-341	2	0	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GCAGCTGTCTGGCTTCAATG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247912	chrX	+	2312	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031428.12	ENSMUST00000101227.3	2045	4	-3	-264	1	2	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CGGCAGGGGTGTTCTATTTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247915	chrX	+	2229	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031428.12	novel	2259	4	NA	NA	17	-4	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CAACTACGGCAGGGGTGTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247916	chrX	+	2234	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031428.12	ENSMUST00000113067.8	2259	4	23	2	19	-2	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	ACTACGGCAGGGGTGTTCTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248217	chrX	+	3369	7	full-splice_match	ENSMUSG00000031438.12	ENSMUST00000113026.2	2750	7	-391	-228	-391	228	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	TGCATGCTTAAAAGTTCTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248226	chrX	+	2629	7	full-splice_match	ENSMUSG00000031438.12	ENSMUST00000113027.8	2641	7	7	5	7	-5	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	TGAAAGATTGTATCTGGTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248228	chrX	+	3734	7	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031438.12	novel	2750	7	NA	NA	-29	-3	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	AAAGATTGTATCTGGTGTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248229	chrX	+	3525	6	novel_in_catalog	ENSMUSG00000031438.12	novel	2750	7	NA	NA	0	-5	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	TGAAAGATTGTATCTGGTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248230	chrX	+	2996	7	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031438.12	novel	2750	7	NA	NA	2	-13	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	TATTCCAATGAAAGATTGTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248233	chrX	+	5043	5	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000031438.12	ENSMUST00000113026.2	2750	7	44973	12	44226	-5	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	TGAAAGATTGTATCTGGTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248580	chrX	-	2201	5	full-splice_match	ENSMUSG00000035062.14	ENSMUST00000044382.7	2219	5	24	-6	24	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TGCTAACTGAGTGCATTCTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248581	chrX	-	2125	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000035062.14	novel	2156	5	NA	NA	0	-2	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	GGAATAAATGCTAACTGAGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
