isoform	chrom	strand	length	exons	structural_category	associated_gene	associated_transcript	ref_length	ref_exons	diff_to_TSS	diff_to_TTS	diff_to_gene_TSS	diff_to_gene_TTS	subcategory	RTS_stage	all_canonical	min_sample_cov	min_cov	min_cov_pos	sd_cov	FL	n_indels	n_indels_junc	bite	iso_exp	gene_exp	ratio_exp	FSM_class	coding	ORF_length	CDS_length	CDS_start	CDS_end	CDS_genomic_start	CDS_genomic_end	predicted_NMD	perc_A_downstream_TTS	seq_A_downstream_TTS	dist_to_CAGE_peak	within_CAGE_peak	dist_to_polyA_site	within_polyA_site	polyA_motif	polyA_dist	polyA_motif_found	ORF_seq	ratio_TSS
ENSMUST00000247812	chr1	-	2742	2	full-splice_match	ENSMUSG00000020423.7	ENSMUST00000020692.7	2743	2	-138	139	-138	-139	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TTCCATAGCGCTGACTGGCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248593	chr1	+	2953	7	full-splice_match	ENSMUSG00000009772.16	ENSMUST00000082125.6	3107	7	-41	195	-41	0	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CAGTCTCTTGTTCACTTTGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248597	chr1	+	2990	8	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000009772.16	novel	2936	8	NA	NA	11	-6	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GAAAAACAGTCTCTTGTTCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248736	chr1	+	4136	8	full-splice_match	ENSMUSG00000026638.16	ENSMUST00000076521.7	4113	8	-9	-14	-9	14	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CTAGAGTACTGGTTCTATCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248930	chr1	-	3970	6	full-splice_match	ENSMUSG00000041945.13	ENSMUST00000039672.6	3160	6	-14	-796	10	796	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	GAATATGGCTATTTTTATCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248937	chr1	-	3101	6	novel_in_catalog	ENSMUSG00000041945.13	novel	3160	6	NA	NA	22	0	combination_of_known_junctions	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.0	CGTGTGTGTGTGTGTCGTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248939	chr1	-	3313	7	full-splice_match	ENSMUSG00000041945.13	ENSMUST00000131390.8	3311	7	1	-3	1	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.0	CGTGTGTGTGTGTGTCGTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248988	chr1	-	1830	6	full-splice_match	ENSMUSG00000026304.14	ENSMUST00000027529.12	1831	6	6	-5	6	5	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CATGAGGTTATATTTGGACC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248989	chr1	-	1636	7	novel_in_catalog	ENSMUSG00000026304.14	novel	1831	6	NA	NA	-43	5	combination_of_known_junctions	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CATGAGGTTATATTTGGACC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248990	chr1	-	2059	7	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000026304.14	novel	1831	6	NA	NA	-511	5	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CATGAGGTTATATTTGGACC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248996	chr1	-	1788	6	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000026304.14	novel	1831	6	NA	NA	21	-1	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GAACACTTCATGAGGTTATA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248998	chr1	-	1346	5	novel_in_catalog	ENSMUSG00000026304.14	novel	960	5	NA	NA	-28	-1	combination_of_known_splicesites	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GAACACTTCATGAGGTTATA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248198	chr10	-	2110	3	full-splice_match	ENSMUSG00000019832.6	ENSMUST00000019974.5	2149	3	20	19	20	-19	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GGGTTTTGTGTTGAATTTTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248204	chr10	-	1079	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000019832.6	ENSMUST00000019974.5	2149	3	102	5195	18	-4002	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.0	TTTTTTTGTTTGTTTGTTTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248952	chr10	+	1027	3	novel_in_catalog	ENSMUSG00000020310.10	novel	1436	5	NA	NA	-290	0	combination_of_known_splicesites	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GCCACTGGCATATTCTTTCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248955	chr10	+	1295	4	full-splice_match	ENSMUSG00000020310.10	ENSMUST00000217748.2	944	4	-309	-42	-281	10	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TATTCTTTCGTACTGTGAAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248961	chr10	+	1710	5	full-splice_match	ENSMUSG00000020310.10	ENSMUST00000020554.8	1436	5	-264	-10	-264	10	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TATTCTTTCGTACTGTGAAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248966	chr10	+	1516	3	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000020310.10	ENSMUST00000217748.2	944	4	-121	2028	-93	-2028	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GCTTAGCCCTAGGACTCTGA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248969	chr10	+	740	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000020310.10	ENSMUST00000217748.2	944	4	736	-36	736	4	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CTGGCATATTCTTTCGTACT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248035	chr11	-	2719	5	full-splice_match	ENSMUSG00000018920.12	ENSMUST00000019064.9	2699	5	-17	-3	-17	3	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GTGACTTCTGCAGACTCTGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248036	chr11	-	1133	5	novel_in_catalog	ENSMUSG00000018920.12	novel	1267	6	NA	NA	619	4	combination_of_known_splicesites	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	45.0	AATACTAAAGATTACTTTTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248039	chr11	-	1080	6	novel_in_catalog	ENSMUSG00000018920.12	novel	1662	6	NA	NA	-88	6	combination_of_known_splicesites	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	GCCCCCATTGACATTCATAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248044	chr11	-	1394	4	novel_in_catalog	ENSMUSG00000018920.12	novel	2699	5	NA	NA	16	1	combination_of_known_splicesites	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CATCTGCCCCCATTGACATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248120	chr11	-	1772	3	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000020871.9	novel	2282	3	NA	NA	68	-3	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GAATCAGAGTCCTGAGTATA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248122	chr11	-	1748	3	full-splice_match	ENSMUSG00000020871.9	ENSMUST00000021241.8	2282	3	530	4	68	-4	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	AGAATCAGAGTCCTGAGTAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248610	chr11	+	2226	9	full-splice_match	ENSMUSG00000020732.14	ENSMUST00000021076.6	2210	9	-16	0	-16	0	reference_match	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CTCTGACCGGTTTTTCCCCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249014	chr11	-	2627	4	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000003934.6	ENSMUST00000004036.6	3183	5	2755	0	2755	0	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	CCAGAAGGCTGGAAAATGAC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248251	chr12	+	3191	5	full-splice_match	ENSMUSG00000020638.9	ENSMUST00000020969.5	3200	5	9	0	9	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CCCTGTTCGTCATCATTGCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248746	chr12	-	5697	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000020948.10	novel	6459	5	NA	NA	-2	36	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	TCTTTGTCATGAATAACTCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248752	chr12	-	3085	5	full-splice_match	ENSMUSG00000020948.10	ENSMUST00000222508.2	6459	5	6	3368	6	1011	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TTGGTTCTGCTTTGTTTAAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248765	chr12	-	2256	2	full-splice_match	ENSMUSG00000020948.10	ENSMUST00000221957.2	1732	2	2	-526	2	526	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	55.00000000000001	TTGAAAAATCAGAAAAATGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248319	chr13	-	2361	3	full-splice_match	ENSMUSG00000002808.8	ENSMUST00000002885.8	2363	3	-1	3	-1	-3	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	ATCTTCAGAGCCTATTAAGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248327	chr13	-	2918	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000002808.8	novel	2363	3	NA	NA	16	-120	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTATTCTTTGATGTGTTTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248332	chr13	-	1683	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000002808.8	ENSMUST00000002885.8	2363	3	-145	1923	-22	-477	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	50.0	TAAATAAATAAATACTGTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248470	chr13	+	2466	3	full-splice_match	ENSMUSG00000054931.8	ENSMUST00000062609.6	2400	3	-66	0	-66	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TTTTTAGTTAGAGTTTCTAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248695	chr13	-	2698	5	full-splice_match	ENSMUSG00000021594.12	ENSMUST00000091514.6	2644	5	-54	0	-54	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	GTTCTATTGTTTGTCTTCAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248709	chr13	-	1116	4	full-splice_match	ENSMUSG00000021594.12	ENSMUST00000059235.9	888	4	-143	-85	-49	85	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	GCAGTCATGTGCCAACAGCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249047	chr14	+	1936	12	full-splice_match	ENSMUSG00000021950.16	ENSMUST00000022519.15	1880	12	-55	-1	-55	1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TGTCTGTGGATTTGTGGGGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249048	chr14	+	1917	12	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000021950.16	novel	1880	12	NA	NA	-42	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GTGTCTGTGGATTTGTGGGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248486	chr15	+	2015	5	full-splice_match	ENSMUSG00000064373.14	ENSMUST00000159216.10	2085	5	70	0	-7	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CAAGTGTGTGTCTTTATTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249028	chr15	-	2162	3	full-splice_match	ENSMUSG00000022440.10	ENSMUST00000147093.2	2191	3	29	0	-4	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCAGCCTGGTACTTTTTGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249035	chr15	-	2425	3	full-splice_match	ENSMUSG00000022440.10	ENSMUST00000023075.9	2402	3	-23	0	-21	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCAGCCTGGTACTTTTTGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249037	chr15	-	2273	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022440.10	ENSMUST00000229185.2	2201	4	-70	-2	-35	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCAGCCTGGTACTTTTTGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249039	chr15	-	1588	3	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022440.10	novel	2402	3	NA	NA	-2687	-1055	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TAGCATTCTTTCCACATCCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249040	chr15	-	1312	3	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022440.10	novel	2191	3	NA	NA	-2707	-1057	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TCTAGCATTCTTTCCACATC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248126	chr16	-	2250	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022951.17	ENSMUST00000023672.10	2190	4	-51	-9	-51	7	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.0	TTGGTCGTTTTCTTTCTGGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248139	chr16	-	2345	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022951.17	ENSMUST00000060005.15	2324	4	-21	0	-21	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GACGTTGTTGGTCGTTTTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248148	chr16	-	2071	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022951.17	novel	2324	4	NA	NA	-5495	-2	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CTTCTGGAGACGTTGTTGGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248151	chr16	-	1633	2	novel_in_catalog	ENSMUSG00000022951.17	novel	2190	4	NA	NA	2	2690	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	GACAAACAGTTCCTCATCTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248164	chr16	-	2058	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022951.17	ENSMUST00000232197.2	1506	4	5	-557	5	0	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GACGTTGTTGGTCGTTTTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248170	chr16	-	238	2	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022951.17	novel	2324	4	NA	NA	-4326	1411	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	GTAAGTGTGTTCATTGTGAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247854	chr17	-	746	2	full-splice_match	ENSMUSG00000071230.8	ENSMUST00000095544.6	638	2	-107	-1	-107	1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CCCGCGTGTGACCCTTTTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247793	chr18	-	1888	8	full-splice_match	ENSMUSG00000024366.9	ENSMUST00000025224.9	1997	8	108	1	108	-1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TGCTCTTTCCTAATTTTCTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247799	chr18	-	1725	3	novel_in_catalog	ENSMUSG00000024366.9	novel	1997	8	NA	NA	24701	-4	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CTTTGCTCTTTCCTAATTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247807	chr18	-	674	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024366.9	novel	1997	8	NA	NA	106	-20658	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TACGTGTGGATGTGTTTTAC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247810	chr18	-	607	3	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024366.9	novel	1997	8	NA	NA	81	-20661	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TCATACGTGTGGATGTGTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247883	chr18	+	3372	2	full-splice_match	ENSMUSG00000049090.4	ENSMUST00000060223.4	3430	2	58	0	58	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GACACACTTCTTTCTGTCCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248085	chr18	-	1812	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024486.7	novel	2375	6	NA	NA	7224	-1	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TGTTCTGTTTCATTTTTGGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248086	chr18	-	1772	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024486.7	novel	2375	6	NA	NA	7192	-1	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TGTTCTGTTTCATTTTTGGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248087	chr18	-	2423	6	full-splice_match	ENSMUSG00000024486.7	ENSMUST00000025363.7	2375	6	-49	1	-49	-1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TGTTCTGTTTCATTTTTGGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248088	chr18	-	2198	3	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000024486.7	ENSMUST00000025363.7	2375	6	7683	5	7245	-5	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TCCATGTTCTGTTTCATTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248092	chr18	-	2371	2	full-splice_match	ENSMUSG00000024486.7	ENSMUST00000236520.2	2890	2	1	518	1	-518	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	AATTTTTGTCTGTGACACAG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248879	chr18	-	2509	8	full-splice_match	ENSMUSG00000024235.12	ENSMUST00000025078.10	2569	8	62	-2	4	2	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TTTTTGGGATTGTATATTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248883	chr18	-	2251	5	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000024235.12	ENSMUST00000025078.10	2569	8	11831	4	-4889	-4	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TCTTAATTTTTGGGATTGTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248894	chr18	-	1720	3	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000024235.12	ENSMUST00000173930.8	2236	7	4	10590	4	5525	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	45.0	CAAACTACCCACAAGACAGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248902	chr18	-	1711	2	full-splice_match	ENSMUSG00000024235.12	ENSMUST00000172805.2	2048	2	-309	646	-309	-646	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	TTAATTGTCTCATTTATTTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247741	chr19	-	3267	2	full-splice_match	ENSMUSG00000067279.4	ENSMUST00000087321.4	2725	2	-512	-30	-512	30	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	TAACTGGTTAGATCAGAAAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247754	chr19	-	2677	3	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000067279.4	novel	2725	2	NA	NA	-54	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CCCGAGAATGTTTTCTTTCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248304	chr19	-	1705	3	full-splice_match	ENSMUSG00000018822.8	ENSMUST00000018966.8	1900	3	195	0	195	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TTTCTTTATCCAGTAGTTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248442	chr19	+	1774	4	full-splice_match	ENSMUSG00000024986.13	ENSMUST00000025944.9	1802	4	28	0	28	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CTTGGTGTGTGCACGCGTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248546	chr19	-	1916	3	full-splice_match	ENSMUSG00000071648.5	ENSMUST00000096242.5	1517	3	-399	0	-399	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TCACTGTTCTCCCGCTCTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248674	chr19	-	2795	5	full-splice_match	ENSMUSG00000024782.8	ENSMUST00000025696.5	2809	5	15	-1	15	1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CCCGGGCTGTCTCCATGTTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248683	chr19	-	1709	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024782.8	novel	2809	5	NA	NA	119	-971	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TCTCAAGTGCTGGGATCACT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248685	chr19	-	950	4	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000024782.8	ENSMUST00000025696.5	2809	5	56	5068	56	0	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	ATCATTCTTATGAGACAGAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249075	chr19	-	810	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024782.8	novel	504	2	NA	NA	19	12889	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TGTGGTCATGACCTCTCTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247970	chr3	+	3351	2	full-splice_match	ENSMUSG00000027739.10	ENSMUST00000054387.8	3492	2	199	-58	199	58	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	TGGATTAGGGATTCCCAACC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248007	chr3	-	2234	5	full-splice_match	ENSMUSG00000040289.9	ENSMUST00000042412.5	2423	5	187	2	-85	-2	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TATGTACTGTGTCTGTCTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248362	chr3	+	2457	3	full-splice_match	ENSMUSG00000053769.6	ENSMUST00000066386.6	2394	3	-53	-10	-53	10	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	AGTGGTTTTATTTCCCCTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248400	chr3	+	1908	12	full-splice_match	ENSMUSG00000027901.13	ENSMUST00000029508.11	4050	12	166	1976	147	12	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TCTAGGAGGCACTGCATGGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248404	chr3	+	1641	5	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000027901.13	ENSMUST00000183271.2	2050	12	8908	-716	1783	716	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	ACTACTACTTCTGCAACTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248649	chr3	+	1790	3	full-splice_match	ENSMUSG00000027996.14	ENSMUST00000029625.8	2003	3	212	1	-32	-1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TCTTTGTCTTCTGTCATGTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247955	chr5	-	1881	7	novel_in_catalog	ENSMUSG00000037379.8	novel	2045	6	NA	NA	-10	-2	combination_of_known_junctions	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TGTCAGAGGGTGACCTCCCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247956	chr5	-	1831	6	full-splice_match	ENSMUSG00000037379.8	ENSMUST00000046186.8	2045	6	212	2	-48	-2	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TGTCAGAGGGTGACCTCCCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248811	chr5	+	3583	4	full-splice_match	ENSMUSG00000034110.9	ENSMUST00000040616.9	4291	4	18	690	18	-690	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	GTAGTTTGGCCTGTTTGATC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248814	chr5	+	2597	4	full-splice_match	ENSMUSG00000034110.9	ENSMUST00000144467.2	696	4	-52	-1849	-52	-1463	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	50.0	ATTAGAGCCCACAAATATAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248844	chr5	+	1141	4	full-splice_match	ENSMUSG00000029641.9	ENSMUST00000031646.8	1126	4	-14	-1	-14	1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCCTTGTTTTCTGAATGTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247941	chr6	+	716	2	full-splice_match	ENSMUSG00000034968.4	ENSMUST00000151508.2	531	2	-46	-139	-46	-8	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	TGCTGCAAGAAGCCTCAATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248380	chr7	+	1908	3	full-splice_match	ENSMUSG00000031073.7	ENSMUST00000033389.7	1810	3	-98	0	-98	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GTTATTTGTTCTATTCCAAG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248870	chr7	+	2469	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000030898.16	novel	2573	5	NA	NA	15	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CCTAAGGCTCAGATTATTCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248871	chr7	+	2367	5	full-splice_match	ENSMUSG00000030898.16	ENSMUST00000033189.6	2573	5	206	0	120	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CCTAAGGCTCAGATTATTCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248872	chr7	+	2502	4	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000030898.16	ENSMUST00000033189.6	2573	5	264	1	178	-1	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	ACCTAAGGCTCAGATTATTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247763	chr8	+	4778	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031530.7	ENSMUST00000033930.5	2740	4	20	-2058	20	2058	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GTTCTGCTTTTGTGGACTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247769	chr8	+	2038	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031530.7	novel	2740	4	NA	NA	7433	-8	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TATGCCTGACTTGGGCCTCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247770	chr8	+	514	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000031530.7	ENSMUST00000033930.5	2740	4	9150	2403	9150	-2403	internal_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GGATTGATTGACTCTGGCTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248289	chr8	+	3254	11	full-splice_match	ENSMUSG00000052557.12	ENSMUST00000064488.11	2652	11	50	-652	48	652	alternative_3end	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	TCCTATTTTCCTAAAAGGGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248413	chr8	+	2739	4	full-splice_match	ENSMUSG00000091764.4	ENSMUST00000204285.3	4333	4	-4	1598	-4	1214	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	GCTTGTAGTTTCATATACCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248416	chr8	+	1823	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000091764.4	novel	4333	4	NA	NA	-2	629	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GAATGACTTCAAAGGGACTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248553	chr8	-	1897	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031654.17	novel	1699	4	NA	NA	26	13	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	ACCCTGTGTTGAACGCGGGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248558	chr8	-	1998	3	full-splice_match	ENSMUSG00000031654.17	ENSMUST00000034076.16	2800	3	348	454	125	8	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CGCTGACCCTGTGTTGAACG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248023	chr9	-	2452	16	full-splice_match	ENSMUSG00000010064.16	ENSMUST00000193932.6	2463	16	17	-6	17	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CCGATTGTGTTCTATATTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248025	chr9	-	2468	16	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000010064.16	novel	2463	16	NA	NA	-3	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CCGATTGTGTTCTATATTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248026	chr9	-	2323	15	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000010064.16	novel	2585	16	NA	NA	-25	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GACCGATTGTGTTCTATATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248027	chr9	-	1623	8	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000010064.16	novel	3151	15	NA	NA	-160	-6	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	TTATACACAAGACCGATTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248512	chr9	-	2832	2	novel_in_catalog	ENSMUSG00000032565.10	novel	1631	3	NA	NA	5	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TACTGTGGTTTCTCCATCTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248513	chr9	-	1680	3	full-splice_match	ENSMUSG00000032565.10	ENSMUST00000035179.9	1631	3	-6	-43	-6	43	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	AAGGTTTGCGATGCCTGAGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248516	chr9	-	1619	3	full-splice_match	ENSMUSG00000032565.10	ENSMUST00000186925.2	699	3	-45	-875	1	0	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GCAGCTGTCTGGCTTCAATG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247909	chrX	+	2579	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031428.12	ENSMUST00000101227.3	2045	4	-270	-264	-266	2	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CGGCAGGGGTGTTCTATTTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247910	chrX	+	2310	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031428.12	novel	2045	4	NA	NA	-1	1	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	ACGGCAGGGGTGTTCTATTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247911	chrX	+	2258	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031428.12	ENSMUST00000113067.8	2259	4	1	0	1	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TACGGCAGGGGTGTTCTATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248219	chrX	+	2598	7	full-splice_match	ENSMUSG00000031438.12	ENSMUST00000113026.2	2750	7	152	0	152	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TCTGGTGTTCGATTTAGCTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248536	chrX	-	2227	5	full-splice_match	ENSMUSG00000035062.14	ENSMUST00000044382.7	2219	5	6	-14	6	8	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	GAGTGCATTCTGTGTGCTGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248575	chrX	-	2254	6	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000035062.14	novel	2219	5	NA	NA	-27	1	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GCTAACTGAGTGCATTCTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248576	chrX	-	2183	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000035062.14	novel	2219	5	NA	NA	-50	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TGCTAACTGAGTGCATTCTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248577	chrX	-	2138	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000035062.14	novel	2219	5	NA	NA	-21	-1	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	TAAATGCTAACTGAGTGCAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
