isoform	chrom	strand	length	exons	structural_category	associated_gene	associated_transcript	ref_length	ref_exons	diff_to_TSS	diff_to_TTS	diff_to_gene_TSS	diff_to_gene_TTS	subcategory	RTS_stage	all_canonical	min_sample_cov	min_cov	min_cov_pos	sd_cov	FL	n_indels	n_indels_junc	bite	iso_exp	gene_exp	ratio_exp	FSM_class	coding	ORF_length	CDS_length	CDS_start	CDS_end	CDS_genomic_start	CDS_genomic_end	predicted_NMD	perc_A_downstream_TTS	seq_A_downstream_TTS	dist_to_CAGE_peak	within_CAGE_peak	dist_to_polyA_site	within_polyA_site	polyA_motif	polyA_dist	polyA_motif_found	ORF_seq	ratio_TSS
ENSMUST00000247814	chr1	-	2620	2	full-splice_match	ENSMUSG00000020423.7	ENSMUST00000020692.7	2743	2	-28	151	-28	-151	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GAGAAGGTGGAATTCCATAG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248592	chr1	+	2953	7	full-splice_match	ENSMUSG00000009772.16	ENSMUST00000082125.6	3107	7	-41	195	-41	0	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CAGTCTCTTGTTCACTTTGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248732	chr1	+	2183	4	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000026638.16	ENSMUST00000138826.8	1760	5	-61	2673	-18	14	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	GACACCTTTTGCAGAGATTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248734	chr1	+	4138	8	full-splice_match	ENSMUSG00000026638.16	ENSMUST00000076521.7	4113	8	-16	-9	-16	9	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	TAAAGCTAGAGTACTGGTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248938	chr1	-	3180	6	full-splice_match	ENSMUSG00000041945.13	ENSMUST00000039672.6	3160	6	-20	0	4	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.0	CGTGTGTGTGTGTGTCGTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248994	chr1	-	1860	6	full-splice_match	ENSMUSG00000026304.14	ENSMUST00000027529.12	1831	6	-29	0	-29	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CACTTCATGAGGTTATATTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248997	chr1	-	1588	7	novel_in_catalog	ENSMUSG00000026304.14	novel	1831	6	NA	NA	-3	-1	combination_of_known_junctions	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GAACACTTCATGAGGTTATA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248202	chr10	-	1884	3	full-splice_match	ENSMUSG00000019832.6	ENSMUST00000019974.5	2149	3	32	233	32	-233	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GCCTGTGTGTTGAATGAATG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248206	chr10	-	1164	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000019832.6	ENSMUST00000019974.5	2149	3	0	5212	0	-4019	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TGTCTTTGGGAACTGCATTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248959	chr10	+	1276	4	full-splice_match	ENSMUSG00000020310.10	ENSMUST00000217748.2	944	4	-300	-32	-272	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GCCACTGGCATATTCTTTCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248042	chr11	-	1359	4	novel_in_catalog	ENSMUSG00000018920.12	novel	1662	6	NA	NA	39	1	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CATCTGCCCCCATTGACATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248045	chr11	-	1470	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000018920.12	novel	2699	5	NA	NA	15	1	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CATCTGCCCCCATTGACATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248046	chr11	-	1492	5	full-splice_match	ENSMUSG00000018920.12	ENSMUST00000019064.9	2699	5	1	1206	1	1	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CATCTGCCCCCATTGACATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248612	chr11	+	2233	9	full-splice_match	ENSMUSG00000020732.14	ENSMUST00000021076.6	2210	9	-11	-12	-11	12	reference_match	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TTTCCCCCTCTGTTTATTCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248982	chr11	-	3169	5	full-splice_match	ENSMUSG00000003934.6	ENSMUST00000004036.6	3183	5	0	14	0	-14	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	45.0	ACTTTAAAAGTTGACCAGAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248254	chr12	+	2526	5	full-splice_match	ENSMUSG00000020638.9	ENSMUST00000020969.5	3200	5	674	0	-631	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CCCTGTTCGTCATCATTGCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248750	chr12	-	3776	5	full-splice_match	ENSMUSG00000020948.10	ENSMUST00000222508.2	6459	5	0	2683	0	1696	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CTATTGTGGTTGGTCTGAAC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248758	chr12	-	2018	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000020948.10	novel	6459	5	NA	NA	1	-37	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	50.0	GGAAAGACCTAAGCAATTAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248759	chr12	-	1243	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000020948.10	novel	6459	5	NA	NA	0	-37	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	50.0	GGAAAGACCTAAGCAATTAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248761	chr12	-	1953	6	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000020948.10	novel	6459	5	NA	NA	0	-37	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	50.0	GGAAAGACCTAAGCAATTAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248763	chr12	-	3659	2	full-splice_match	ENSMUSG00000020948.10	ENSMUST00000221957.2	1732	2	4	-1931	4	1931	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	50.0	GAAGAAGAAGCAGCAGCAAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248267	chr13	-	2392	3	full-splice_match	ENSMUSG00000002808.8	ENSMUST00000002885.8	2363	3	-38	9	-38	-9	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TTGGTTATCTTCAGAGCCTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248272	chr13	-	2007	2	full-splice_match	ENSMUSG00000002808.8	ENSMUST00000221014.2	692	2	7	-1322	7	-124	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TGAATTATTCTTTGATGTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248275	chr13	-	2109	2	novel_in_catalog	ENSMUSG00000002808.8	novel	2363	3	NA	NA	4	87	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CCTATGTGGGCTTGCTTGTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248278	chr13	-	1956	2	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000002808.8	novel	2363	3	NA	NA	-1	-4807	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CAAGTTGCTTATGGTCATGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248471	chr13	+	2458	3	full-splice_match	ENSMUSG00000054931.8	ENSMUST00000062609.6	2400	3	-58	0	-58	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TTTTTAGTTAGAGTTTCTAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248692	chr13	-	2683	5	full-splice_match	ENSMUSG00000021594.12	ENSMUST00000091514.6	2644	5	-39	0	-39	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	GTTCTATTGTTTGTCTTCAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248704	chr13	-	965	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000021594.12	novel	2644	5	NA	NA	-41	-497	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GTGTGCTGTCCATGCTGTTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249044	chr14	+	1949	12	full-splice_match	ENSMUSG00000021950.16	ENSMUST00000022519.15	1880	12	-69	0	-69	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GTGTCTGTGGATTTGTGGGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249052	chr14	+	1803	12	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000021950.16	novel	1880	12	NA	NA	24	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GTGTCTGTGGATTTGTGGGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248489	chr15	+	2010	5	full-splice_match	ENSMUSG00000064373.14	ENSMUST00000159216.10	2085	5	75	0	-2	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CAAGTGTGTGTCTTTATTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249032	chr15	-	2406	3	full-splice_match	ENSMUSG00000022440.10	ENSMUST00000023075.9	2402	3	-4	0	-2	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCAGCCTGGTACTTTTTGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249038	chr15	-	2615	3	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022440.10	novel	2402	3	NA	NA	-2740	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCAGCCTGGTACTTTTTGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248133	chr16	-	2192	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022951.17	ENSMUST00000023672.10	2190	4	0	-2	0	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GACGTTGTTGGTCGTTTTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248137	chr16	-	2164	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022951.17	ENSMUST00000232239.2	2319	4	157	-2	157	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GACGTTGTTGGTCGTTTTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248141	chr16	-	2074	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022951.17	ENSMUST00000232197.2	1506	4	-11	-557	-11	0	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GACGTTGTTGGTCGTTTTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248146	chr16	-	2076	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022951.17	novel	2190	4	NA	NA	-3082	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	GAGACGTTGTTGGTCGTTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247855	chr17	-	811	2	full-splice_match	ENSMUSG00000071230.8	ENSMUST00000095544.6	638	2	-172	-1	-172	1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CCCGCGTGTGACCCTTTTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247863	chr17	-	620	2	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000071230.8	novel	638	2	NA	NA	13	-3	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CGCCCCCGCGTGTGACCCTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247801	chr18	-	1904	8	full-splice_match	ENSMUSG00000024366.9	ENSMUST00000025224.9	1997	8	89	4	89	-4	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CTTTGCTCTTTCCTAATTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247882	chr18	+	3389	2	full-splice_match	ENSMUSG00000049090.4	ENSMUST00000060223.4	3430	2	41	0	41	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GACACACTTCTTTCTGTCCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248075	chr18	-	2422	6	full-splice_match	ENSMUSG00000024486.7	ENSMUST00000025363.7	2375	6	-48	1	-48	-1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TGTTCTGTTTCATTTTTGGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248076	chr18	-	1727	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024486.7	novel	2375	6	NA	NA	7233	-5	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TCCATGTTCTGTTTCATTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248077	chr18	-	1799	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024486.7	novel	2375	6	NA	NA	7233	-5	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TCCATGTTCTGTTTCATTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248868	chr18	-	1014	5	novel_in_catalog	ENSMUSG00000024235.12	novel	2236	7	NA	NA	4	-942	combination_of_known_splicesites	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	ACAGGATATTTCTCTCCTGA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248869	chr18	-	647	2	full-splice_match	ENSMUSG00000024235.12	ENSMUST00000172805.2	2048	2	-107	1508	-107	-1508	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GTTGAGTGCTGTGTGCTCTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247745	chr19	-	2766	2	full-splice_match	ENSMUSG00000067279.4	ENSMUST00000087321.4	2725	2	-39	-2	-39	2	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CGAGAATGTTTTCTTTCCCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248309	chr19	-	1798	3	full-splice_match	ENSMUSG00000018822.8	ENSMUST00000018966.8	1900	3	94	8	94	-8	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	CCAATTAATTTCTTTATCCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248436	chr19	+	1433	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024986.13	novel	1802	4	NA	NA	-286	3	at_least_one_novel_splicesite	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CCCTGTTTGAATTCTCATTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248444	chr19	+	1774	4	full-splice_match	ENSMUSG00000024986.13	ENSMUST00000025944.9	1802	4	31	-3	31	3	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GGTGTGTGCACGCGTGTGTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248539	chr19	-	1677	3	full-splice_match	ENSMUSG00000071648.5	ENSMUST00000096242.5	1517	3	-152	-8	-152	8	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	0.0	CTCCCGCTCTCTTCCTCTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248632	chr19	-	2768	5	full-splice_match	ENSMUSG00000024782.8	ENSMUST00000025696.5	2809	5	42	-1	42	1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CCCGGGCTGTCTCCATGTTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247968	chr3	+	2970	2	full-splice_match	ENSMUSG00000027739.10	ENSMUST00000054387.8	3492	2	196	326	196	-326	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	GAAGCGTTTCTTTCTTTGGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248002	chr3	-	2201	5	full-splice_match	ENSMUSG00000040289.9	ENSMUST00000042412.5	2423	5	222	0	-50	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TGTACTGTGTCTGTCTTCCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248366	chr3	+	2418	3	full-splice_match	ENSMUSG00000053769.6	ENSMUST00000066386.6	2394	3	-20	-4	-20	4	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TGCTTTAGTGGTTTTATTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248369	chr3	+	2308	3	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000053769.6	novel	2394	3	NA	NA	82	2	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CATGCTTTAGTGGTTTTATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248370	chr3	+	1719	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000053769.6	novel	2394	3	NA	NA	83	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TGCATGCTTTAGTGGTTTTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248397	chr3	+	2052	12	full-splice_match	ENSMUSG00000027901.13	ENSMUST00000029508.11	4050	12	22	1976	3	12	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TCTAGGAGGCACTGCATGGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248648	chr3	+	1891	3	full-splice_match	ENSMUSG00000027996.14	ENSMUST00000029625.8	2003	3	110	2	110	-2	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TTCTTTGTCTTCTGTCATGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247950	chr5	-	1815	6	full-splice_match	ENSMUSG00000037379.8	ENSMUST00000046186.8	2045	6	233	-3	-27	3	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GAGGGTGACCTCCCACCATC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248812	chr5	+	3540	4	full-splice_match	ENSMUSG00000034110.9	ENSMUST00000040616.9	4291	4	61	690	-2	-690	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	GTAGTTTGGCCTGTTTGATC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248848	chr5	+	1084	4	full-splice_match	ENSMUSG00000029641.9	ENSMUST00000031646.8	1126	4	43	-1	43	1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCCTTGTTTTCTGAATGTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247939	chr6	+	802	2	full-splice_match	ENSMUSG00000034968.4	ENSMUST00000041265.4	817	2	15	0	15	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GAAGCCTCAATTCGGAAAGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248379	chr7	+	1913	3	full-splice_match	ENSMUSG00000031073.7	ENSMUST00000033389.7	1810	3	-103	0	-103	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GTTATTTGTTCTATTCCAAG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248860	chr7	+	2504	5	full-splice_match	ENSMUSG00000030898.16	ENSMUST00000033189.6	2573	5	69	0	-17	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CCTAAGGCTCAGATTATTCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247761	chr8	+	1826	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031530.7	ENSMUST00000033930.5	2740	4	0	914	0	-914	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	45.0	TAACATAAGCAATAACGGCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248280	chr8	+	2151	11	full-splice_match	ENSMUSG00000052557.12	ENSMUST00000064488.11	2652	11	50	451	48	-451	alternative_3end	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	GCCGGCGTACGAGGTTGTCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248418	chr8	+	2737	4	full-splice_match	ENSMUSG00000091764.4	ENSMUST00000204285.3	4333	4	-2	1598	-2	1214	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	GCTTGTAGTTTCATATACCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248571	chr8	-	1375	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031654.17	novel	1699	4	NA	NA	-19	-183	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TTTTTCTGAAACAGCTTTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248021	chr9	-	2425	16	full-splice_match	ENSMUSG00000010064.16	ENSMUST00000193932.6	2463	16	44	-6	-8	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CCGATTGTGTTCTATATTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248502	chr9	-	1658	3	full-splice_match	ENSMUSG00000032565.10	ENSMUST00000035179.9	1631	3	12	-39	7	39	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GGCTAAGGTTTGCGATGCCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248506	chr9	-	1338	2	full-splice_match	ENSMUSG00000032565.10	ENSMUST00000190375.2	1326	2	-3	-9	-3	9	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	85.0	CAAAAACAAAAACAAAAAAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248507	chr9	-	2137	1	full-splice_match	ENSMUSG00000032565.10	ENSMUST00000186933.3	2147	1	19	-9	19	9	mono-exon	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	85.0	CAAAAACAAAAACAAAAAAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248510	chr9	-	828	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000032565.10	ENSMUST00000035179.9	1631	3	26	1559	-18	-684	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GAACAGTCCATTGGAATCAC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247914	chrX	+	2287	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031428.12	ENSMUST00000101227.3	2045	4	16	-258	16	-4	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CAACTACGGCAGGGGTGTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247920	chrX	+	2065	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031428.12	ENSMUST00000113067.8	2259	4	55	139	51	123	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GTGCTGTTCTATAGTATGTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248218	chrX	+	2630	7	full-splice_match	ENSMUSG00000031438.12	ENSMUST00000113026.2	2750	7	113	7	113	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GATTGTATCTGGTGTTCGAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248535	chrX	-	2194	5	full-splice_match	ENSMUSG00000035062.14	ENSMUST00000044382.7	2219	5	31	-6	31	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TGCTAACTGAGTGCATTCTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
