isoform	chrom	strand	length	exons	structural_category	associated_gene	associated_transcript	ref_length	ref_exons	diff_to_TSS	diff_to_TTS	diff_to_gene_TSS	diff_to_gene_TTS	subcategory	RTS_stage	all_canonical	min_sample_cov	min_cov	min_cov_pos	sd_cov	FL	n_indels	n_indels_junc	bite	iso_exp	gene_exp	ratio_exp	FSM_class	coding	ORF_length	CDS_length	CDS_start	CDS_end	CDS_genomic_start	CDS_genomic_end	predicted_NMD	perc_A_downstream_TTS	seq_A_downstream_TTS	dist_to_CAGE_peak	within_CAGE_peak	dist_to_polyA_site	within_polyA_site	polyA_motif	polyA_dist	polyA_motif_found	ORF_seq	ratio_TSS
ENSMUST00000247815	chr1	-	2641	2	full-splice_match	ENSMUSG00000020423.7	ENSMUST00000020692.7	2743	2	-52	154	-52	-154	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GTAGAGAAGGTGGAATTCCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247825	chr1	-	1962	1	genic	ENSMUSG00000020423.7	novel	NA	NA	NA	NA	-28	-2017	mono-exon	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	50.0	GAAAAACAATTCTTTAAAGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248595	chr1	+	2935	7	full-splice_match	ENSMUSG00000009772.16	ENSMUST00000082125.6	3107	7	-23	195	-23	0	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CAGTCTCTTGTTCACTTTGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248733	chr1	+	4134	8	full-splice_match	ENSMUSG00000026638.16	ENSMUST00000076521.7	4113	8	-16	-5	-16	5	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	45.0	AATATAAAGCTAGAGTACTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248735	chr1	+	2168	4	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000026638.16	ENSMUST00000138826.8	1760	5	-55	2682	-12	5	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	50.0	GAAAAAAAAGACACCTTTTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248927	chr1	-	3973	6	full-splice_match	ENSMUSG00000041945.13	ENSMUST00000039672.6	3160	6	-14	-799	10	799	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	TATGGCTATTTTTATCAAAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248942	chr1	-	832	5	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000041945.13	ENSMUST00000039672.6	3160	6	-14	9176	10	16	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	TCTCAGTATGGAAGCTGTAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248995	chr1	-	1894	6	full-splice_match	ENSMUSG00000026304.14	ENSMUST00000027529.12	1831	6	-63	0	-63	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CACTTCATGAGGTTATATTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249066	chr1	+	1632	7	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000026638.16	ENSMUST00000076521.7	4113	8	37	3090	-6	-556	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	GTAAGATGTAACTGTTCTGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248192	chr10	-	2150	3	full-splice_match	ENSMUSG00000019832.6	ENSMUST00000019974.5	2149	3	0	-1	0	1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GATTTGTCACTTTATGTGTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248208	chr10	-	1130	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000019832.6	ENSMUST00000019974.5	2149	3	33	5213	33	-4020	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CTGTCTTTGGGAACTGCATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248954	chr10	+	1721	5	full-splice_match	ENSMUSG00000020310.10	ENSMUST00000020554.8	1436	5	-281	-4	-281	4	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CTGGCATATTCTTTCGTACT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248958	chr10	+	1282	4	full-splice_match	ENSMUSG00000020310.10	ENSMUST00000217748.2	944	4	-304	-34	-276	2	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CACTGGCATATTCTTTCGTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248964	chr10	+	1349	3	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000020310.10	ENSMUST00000217748.2	944	4	-271	2345	-243	-2345	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	TAAGAGCTAGTACCTACTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248970	chr10	+	704	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000020310.10	ENSMUST00000217748.2	944	4	769	-33	769	1	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CCACTGGCATATTCTTTCGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248038	chr11	-	1562	5	full-splice_match	ENSMUSG00000018920.12	ENSMUST00000019064.9	2699	5	-26	1163	-26	44	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GGGTTTTGTTGTTTAGCTAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248043	chr11	-	1391	5	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000018920.12	novel	2699	5	NA	NA	34	1	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CATCTGCCCCCATTGACATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248047	chr11	-	1362	4	novel_in_catalog	ENSMUSG00000018920.12	novel	2699	5	NA	NA	15	-32	combination_of_known_splicesites	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	CCTAGATTCTGCGATTAAAG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248114	chr11	-	1534	2	full-splice_match	ENSMUSG00000020871.9	ENSMUST00000146838.3	1593	2	85	-26	85	26	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	CAGAGACTCCATGTTCACAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248609	chr11	+	940	9	full-splice_match	ENSMUSG00000020732.14	ENSMUST00000021076.6	2210	9	-19	1289	-19	-1289	alternative_3end	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CCCGTATGCCCCCCAAAACC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248617	chr11	+	401	2	novel_in_catalog	ENSMUSG00000020732.14	novel	2577	9	NA	NA	6065	-1289	combination_of_known_splicesites	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CCCGTATGCCCCCCAAAACC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248618	chr11	+	1773	3	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000020732.14	ENSMUST00000021076.6	2210	9	6113	-8	6067	8	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GGTTTTTCCCCCTCTGTTTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248986	chr11	-	3200	5	full-splice_match	ENSMUSG00000003934.6	ENSMUST00000004036.6	3183	5	-17	0	-17	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	40.0	CCAGAAGGCTGGAAAATGAC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248256	chr12	+	2454	5	full-splice_match	ENSMUSG00000020638.9	ENSMUST00000020969.5	3200	5	746	0	-559	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CCCTGTTCGTCATCATTGCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248667	chr12	-	6474	5	full-splice_match	ENSMUSG00000020948.10	ENSMUST00000222508.2	6459	5	-11	-4	-11	4	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	TATCATGTAATCATTATTAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248730	chr12	-	1138	4	novel_in_catalog	ENSMUSG00000020948.10	novel	6459	5	NA	NA	6	-37	combination_of_known_splicesites	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	50.0	GGAAAGACCTAAGCAATTAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248731	chr12	-	1729	2	full-splice_match	ENSMUSG00000020948.10	ENSMUST00000221957.2	1732	2	10	-7	10	7	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	GATGACCTTAATCTTAGCCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248760	chr12	-	1944	6	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000020948.10	novel	6459	5	NA	NA	9	-37	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	50.0	GGAAAGACCTAAGCAATTAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248762	chr12	-	512	3	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000020948.10	novel	6459	5	NA	NA	5704	-38	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	50.0	AGGAAAGACCTAAGCAATTA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248247	chr13	-	2544	3	full-splice_match	ENSMUSG00000002808.8	ENSMUST00000002885.8	2363	3	-175	-6	-52	6	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GCCTATTAAGTCTCATCTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248248	chr13	-	1975	3	full-splice_match	ENSMUSG00000002808.8	ENSMUST00000220944.2	563	3	-7	-1405	-7	-14	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	CCAAATTGGTTATCTTCAGA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248249	chr13	-	1533	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000002808.8	ENSMUST00000002885.8	2363	3	7	1921	7	-475	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	45.0	AATAAATAAATACTGTGTGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248276	chr13	-	796	2	full-splice_match	ENSMUSG00000002808.8	ENSMUST00000221014.2	692	2	9	-113	9	86	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CCCTATGTGGGCTTGCTTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248277	chr13	-	876	6	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000002808.8	novel	2363	3	NA	NA	385	85	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	ACCCTATGTGGGCTTGCTTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248472	chr13	+	2415	3	full-splice_match	ENSMUSG00000054931.8	ENSMUST00000062609.6	2400	3	-15	0	-15	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TTTTTAGTTAGAGTTTCTAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248694	chr13	-	2698	5	full-splice_match	ENSMUSG00000021594.12	ENSMUST00000091514.6	2644	5	-54	0	-54	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	GTTCTATTGTTTGTCTTCAT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248708	chr13	-	1116	4	full-splice_match	ENSMUSG00000021594.12	ENSMUST00000059235.9	888	4	-143	-85	-49	85	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	GCAGTCATGTGCCAACAGCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249049	chr14	+	1895	12	full-splice_match	ENSMUSG00000021950.16	ENSMUST00000022519.15	1880	12	-14	-1	-14	1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TGTCTGTGGATTTGTGGGGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249054	chr14	+	1519	8	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000021950.16	ENSMUST00000022519.15	1880	12	6514	0	6470	0	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GTGTCTGTGGATTTGTGGGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249080	chr14	+	1955	12	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000021950.16	novel	1880	12	NA	NA	-80	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GTGTCTGTGGATTTGTGGGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249081	chr14	+	935	3	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000021950.16	novel	1880	12	NA	NA	11832	1099	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	GCAACCTGCAGCTTTTCTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248488	chr15	+	2010	5	full-splice_match	ENSMUSG00000064373.14	ENSMUST00000159216.10	2085	5	75	0	-2	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CAAGTGTGTGTCTTTATTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249009	chr15	-	2615	3	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022440.10	novel	2402	3	NA	NA	-2740	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCAGCCTGGTACTTTTTGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249010	chr15	-	2392	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022440.10	novel	2201	4	NA	NA	-39	-16	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	ATTGGATTCTCTTGGCAATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249026	chr15	-	2469	3	novel_in_catalog	ENSMUSG00000022440.10	novel	2402	3	NA	NA	192	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCAGCCTGGTACTTTTTGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249027	chr15	-	2162	3	full-splice_match	ENSMUSG00000022440.10	ENSMUST00000147093.2	2191	3	29	0	-4	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCAGCCTGGTACTTTTTGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249036	chr15	-	2439	3	full-splice_match	ENSMUSG00000022440.10	ENSMUST00000023075.9	2402	3	-37	0	-35	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCAGCCTGGTACTTTTTGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248134	chr16	-	2192	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022951.17	ENSMUST00000023672.10	2190	4	0	-2	0	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GACGTTGTTGGTCGTTTTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248136	chr16	-	2078	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000022951.17	novel	2324	4	NA	NA	-3082	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GACGTTGTTGGTCGTTTTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248138	chr16	-	2260	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022951.17	ENSMUST00000232239.2	2319	4	61	-2	61	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GACGTTGTTGGTCGTTTTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248142	chr16	-	2098	4	full-splice_match	ENSMUSG00000022951.17	ENSMUST00000232197.2	1506	4	-35	-557	-35	0	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GACGTTGTTGGTCGTTTTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247856	chr17	-	927	2	full-splice_match	ENSMUSG00000071230.8	ENSMUST00000095544.6	638	2	-288	-1	-288	1	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CCCGCGTGTGACCCTTTTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247858	chr17	-	728	2	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000071230.8	novel	638	2	NA	NA	-92	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CCCCGCGTGTGACCCTTTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247755	chr18	-	1905	8	full-splice_match	ENSMUSG00000024366.9	ENSMUST00000025224.9	1997	8	88	4	88	-4	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CTTTGCTCTTTCCTAATTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247805	chr18	-	1094	4	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000024366.9	ENSMUST00000025224.9	1997	8	109	5406	109	-5406	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	GGCCATGACACTATTTTATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247869	chr18	+	3411	2	full-splice_match	ENSMUSG00000049090.4	ENSMUST00000060223.4	3430	2	43	-24	43	24	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	CAGAGAAATTATGGTGCATG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248074	chr18	-	2402	6	full-splice_match	ENSMUSG00000024486.7	ENSMUST00000025363.7	2375	6	-28	1	-28	-1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TGTTCTGTTTCATTTTTGGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248078	chr18	-	1815	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024486.7	novel	2375	6	NA	NA	7217	-5	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TCCATGTTCTGTTTCATTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248079	chr18	-	1725	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024486.7	novel	2375	6	NA	NA	6590	-5	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TCCATGTTCTGTTTCATTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248080	chr18	-	1731	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024486.7	novel	2375	6	NA	NA	7227	-7	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CATCCATGTTCTGTTTCATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248089	chr18	-	2311	6	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024486.7	novel	2375	6	NA	NA	27	-23	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	AAGATAACCCTTACTCCATC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248090	chr18	-	1029	5	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000024486.7	ENSMUST00000025363.7	2375	6	470	1083	32	-1083	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GGAGAGGAAGGTTAAATGGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248091	chr18	-	1118	3	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000024486.7	ENSMUST00000025363.7	2375	6	7676	1092	7238	-1092	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	65.0	AAAAAAAAAGGAGAGGAAGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248093	chr18	-	822	2	full-splice_match	ENSMUSG00000024486.7	ENSMUST00000236520.2	2890	2	-7	2075	-7	-2075	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	AAAAGTGCAAGTCCTATTTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248885	chr18	-	2518	8	full-splice_match	ENSMUSG00000024235.12	ENSMUST00000025078.10	2569	8	40	11	-18	2	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TATTTTGTCTTAATTTTTGG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248906	chr18	-	976	2	full-splice_match	ENSMUSG00000024235.12	ENSMUST00000172805.2	2048	2	-436	1508	-436	-1508	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	GTTGAGTGCTGTGTGCTCTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247752	chr19	-	2756	2	full-splice_match	ENSMUSG00000067279.4	ENSMUST00000087321.4	2725	2	-31	0	-31	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CCCGAGAATGTTTTCTTTCC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248310	chr19	-	1838	3	full-splice_match	ENSMUSG00000018822.8	ENSMUST00000018966.8	1900	3	54	8	54	-8	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	CCAATTAATTTCTTTATCCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248437	chr19	+	1486	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024986.13	novel	1802	4	NA	NA	-283	0	at_least_one_novel_splicesite	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CTTGGTGTGTGCACGCGTGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248443	chr19	+	1773	4	full-splice_match	ENSMUSG00000024986.13	ENSMUST00000025944.9	1802	4	30	-1	30	1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TTGGTGTGTGCACGCGTGTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248445	chr19	+	1454	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024986.13	novel	1802	4	NA	NA	490	1	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TTGGTGTGTGCACGCGTGTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248446	chr19	+	1410	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000024986.13	novel	1802	4	NA	NA	491	0	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CGACCCTGTTTGAATTCTCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248544	chr19	-	1700	3	full-splice_match	ENSMUSG00000071648.5	ENSMUST00000096242.5	1517	3	-183	0	-183	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TCACTGTTCTCCCGCTCTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248633	chr19	-	2810	5	full-splice_match	ENSMUSG00000024782.8	ENSMUST00000025696.5	2809	5	0	-1	0	1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	CCCGGGCTGTCTCCATGTTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248641	chr19	-	995	4	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000024782.8	ENSMUST00000025696.5	2809	5	15	5064	15	4	5prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	TTCTTATGAGACAGAACAGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247969	chr3	+	3355	2	full-splice_match	ENSMUSG00000027739.10	ENSMUST00000054387.8	3492	2	196	-59	196	59	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	GGATTAGGGATTCCCAACCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248006	chr3	-	2227	5	full-splice_match	ENSMUSG00000040289.9	ENSMUST00000042412.5	2423	5	194	2	-78	-2	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TATGTACTGTGTCTGTCTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248365	chr3	+	2422	3	full-splice_match	ENSMUSG00000053769.6	ENSMUST00000066386.6	2394	3	-26	-2	-26	2	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CATGCTTTAGTGGTTTTATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248371	chr3	+	1286	2	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000053769.6	novel	2394	3	NA	NA	3835	2	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CATGCTTTAGTGGTTTTATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248647	chr3	+	1995	3	full-splice_match	ENSMUSG00000027996.14	ENSMUST00000029625.8	2003	3	6	2	6	-2	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5.0	TTCTTTGTCTTCTGTCATGT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247951	chr5	-	1845	6	full-splice_match	ENSMUSG00000037379.8	ENSMUST00000046186.8	2045	6	203	-3	-57	3	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GAGGGTGACCTCCCACCATC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247952	chr5	-	1221	2	full-splice_match	ENSMUSG00000037379.8	ENSMUST00000201175.2	1130	2	-83	-8	-83	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	TCAGAGGGTGACCTCCCACC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248810	chr5	+	3961	4	full-splice_match	ENSMUSG00000034110.9	ENSMUST00000040616.9	4291	4	-655	985	-655	-985	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	ATATATATTGGGATCTGGGA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248813	chr5	+	1435	4	full-splice_match	ENSMUSG00000034110.9	ENSMUST00000144467.2	696	4	-165	-574	15	574	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TATCTCTTCCCAGTGTGCTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248847	chr5	+	1098	4	full-splice_match	ENSMUSG00000029641.9	ENSMUST00000031646.8	1126	4	29	-1	29	1	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCCTTGTTTTCTGAATGTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248849	chr5	+	1183	3	novel_in_catalog	ENSMUSG00000029641.9	novel	1126	4	NA	NA	67	1	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TTCCTTGTTTTCTGAATGTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247937	chr6	+	857	2	full-splice_match	ENSMUSG00000034968.4	ENSMUST00000041265.4	817	2	-40	0	-40	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GAAGCCTCAATTCGGAAAGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247942	chr6	+	719	2	full-splice_match	ENSMUSG00000034968.4	ENSMUST00000151508.2	531	2	-41	-147	-41	0	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	GAAGCCTCAATTCGGAAAGC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248381	chr7	+	1903	3	full-splice_match	ENSMUSG00000031073.7	ENSMUST00000033389.7	1810	3	-93	0	-93	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GTTATTTGTTCTATTCCAAG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248843	chr7	+	2487	5	full-splice_match	ENSMUSG00000030898.16	ENSMUST00000033189.6	2573	5	86	0	0	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CCTAAGGCTCAGATTATTCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248861	chr7	+	2806	3	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000030898.16	ENSMUST00000033189.6	2573	5	236	0	150	0	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	CCTAAGGCTCAGATTATTCG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247765	chr8	+	4172	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031530.7	ENSMUST00000033930.5	2740	4	630	-2062	630	2062	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TGCTTTTGTGGACTCTCACT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248281	chr8	+	2023	11	full-splice_match	ENSMUSG00000052557.12	ENSMUST00000064488.11	2652	11	88	541	86	-541	alternative_3end5end	TRUE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	30.0	GAAGGGAACTCTTACCTGAC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248414	chr8	+	3267	4	full-splice_match	ENSMUSG00000091764.4	ENSMUST00000204285.3	4333	4	-4	1070	-4	-1070	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GCCCTGCCAGAATGCCTTCA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248419	chr8	+	1327	4	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000091764.4	novel	4333	4	NA	NA	3	10321	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35.0	CTTTCACCCAAAAGATGACT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248562	chr8	-	2005	3	full-splice_match	ENSMUSG00000031654.17	ENSMUST00000034076.16	2800	3	341	454	118	8	alternative_3end5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CGCTGACCCTGTGTTGAACG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248572	chr8	-	1205	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000031654.17	ENSMUST00000169693.2	1699	4	519	185	519	-185	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	25.0	TATTTTTCTGAAACAGCTTT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000249083	chr8	-	1127	2	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031654.17	novel	1822	2	NA	NA	764	8	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CGCTGACCCTGTGTTGAACG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248019	chr9	-	1303	2	incomplete-splice_match	ENSMUSG00000010064.16	ENSMUST00000167868.8	3151	15	6981	521	3473	0	3prime_fragment	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CCGATTGTGTTCTATATTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248024	chr9	-	2469	16	full-splice_match	ENSMUSG00000010064.16	ENSMUST00000193932.6	2463	16	0	-6	0	0	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	CCGATTGTGTTCTATATTCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248480	chr9	-	1645	3	full-splice_match	ENSMUSG00000032565.10	ENSMUST00000035179.9	1631	3	-4	-10	-4	10	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	GGCTTCAATGACTTCAGCTG	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248481	chr9	-	1340	2	full-splice_match	ENSMUSG00000032565.10	ENSMUST00000190375.2	1326	2	-5	-9	-5	9	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	85.0	CAAAAACAAAAACAAAAAAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248482	chr9	-	1006	2	novel_in_catalog	ENSMUSG00000032565.10	novel	1631	3	NA	NA	18	9	combination_of_known_splicesites	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	85.0	CAAAAACAAAAACAAAAAAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248483	chr9	-	2059	2	novel_in_catalog	ENSMUSG00000032565.10	novel	1631	3	NA	NA	17	9	intron_retention	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	85.0	CAAAAACAAAAACAAAAAAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248484	chr9	-	2160	1	full-splice_match	ENSMUSG00000032565.10	ENSMUST00000186933.3	2147	1	-4	-9	1	9	mono-exon	FALSE	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	85.0	CAAAAACAAAAACAAAAAAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248504	chr9	-	1275	3	full-splice_match	ENSMUSG00000032565.10	ENSMUST00000186925.2	699	3	-25	-551	-18	17	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	75.0	AAAACAAAAAAAAACCTAGA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248505	chr9	-	1252	3	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000032565.10	novel	1631	3	NA	NA	-3	9	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	TRUE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	85.0	CAAAAACAAAAACAAAAAAA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247918	chrX	+	2270	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031428.12	ENSMUST00000101227.3	2045	4	33	-258	33	-4	alternative_3end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	20.0	CAACTACGGCAGGGGTGTTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247923	chrX	+	2186	4	full-splice_match	ENSMUSG00000031428.12	ENSMUST00000113067.8	2259	4	73	0	69	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15.0	TACGGCAGGGGTGTTCTATT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000247925	chrX	+	2568	3	novel_not_in_catalog	ENSMUSG00000031428.12	novel	2259	4	NA	NA	-29	298	at_least_one_novel_splicesite	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	C	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	55.00000000000001	AAAAAGAATGACTGCATATA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248220	chrX	+	2582	7	full-splice_match	ENSMUSG00000031438.12	ENSMUST00000113026.2	2750	7	168	0	168	0	alternative_5end	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	TCTGGTGTTCGATTTAGCTC	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
ENSMUST00000248533	chrX	-	2207	5	full-splice_match	ENSMUSG00000035062.14	ENSMUST00000044382.7	2219	5	24	-12	24	6	reference_match	FALSE	canonical	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	FALSE	NA	NA	NA	A	non_coding	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	10.0	CTGAGTGCATTCTGTGTGCT	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
